Dentro de los proyectos para ejecución de las obras de rehabilitación en el Casco Histórico, el Ayuntamiento de Toledo convocó en el año 1985 un concurso nacional de arquitectura para la rehabilitación del antiguo templo de San Marcos y su reconversión en Centro Cultural.
El proyecto contempló en su primera fase la rehabilitación integral de los restos del antiguo templo de San Marcos, con el fin de conservar y resaltar lo que aún permaneciera como reconocible del monumento. Las excavaciones arqueológicas realizadas durante el proceso de rehabilitación hicieron aflorar numerosos testimonios históricos de presencia romana, visigótica, árabe y medieval, que han sido respetados e incorporados a la actuación, permitiendo su integración en el conjunto de la obra como un valor añadido más.
En el solar que ocupaban las ruinas no recuperables o desaparecidas, se construyó un nuevo volumen de arquitectura contemporánea destinado a albergar las dependencias del Archivo Municipal, con amplios espacios reservados para la consulta de investigadores, almacenamiento y servicios complementarios.
En este archivo, uno de los más ricos de España, se conserva un valiosísimo patrimonio documental, entre el que destaca el libro de Actas Capitulares desde mediados del siglo XVI hasta la actualidad; cartas de los Reyes Católicos, de Carlos V y de Felipe II; pergaminos rodados concediendo privilegios a la ciudad, las actas del Cabildo de Jurados o una singular colección de sellos reales. Las nuevas instalaciones han permitido al Ayuntamiento cumplir con su obligación de conservar adecuadamente toda esta histórica documentación.